Dokładnie cztery i pół wieku stał ołtarz Stwoszowski w Mariackim prezbiterium; przetrzymał szczęśliwie oblężenia, rabunki i pożary Krakowa w wieku XVII i XVIII; przetrwał zmiany smaku artystycznego; ostał się wobec renesansu opartego na antyku i wobec bujnego baroku nie szanującego średniowiecznych dzieł sztuki; oszczędził go neoklasycyzm końca wieku XVIII i początku XIX. Wiernie dzielił dolę i niedolę Krakowa. Ruszyła go z miejsca dopiero nadchodząca druga wojna światowa. W obawie przed bombardowaniem Krakowa przez samoloty niemieckie został w ostatnich dniach sierpnia 1939 roku rozebrany, starannie zapakowany do skrzyń i częściowo wywieziony galarami Wisłą do Sandomierza, częściowo zaś ukryty w Krakowie, w piwnicy oficyny domu przy ulicy Św. Jana 9 / grupa Wniebowzięcia / i w schronie zakładu Historii Sztuki Uniwersytetu Jagiellońskiego / małe figurki z predelli i z ramy sceny głównej /. Niemcy po wkroczeniu do Sandomierza rychło zauważyli w tamtejszej katedrze olbrzymie skrzynie i w tryumfie zawieźli je w głąb Rzeszy. Części ukrytych w Krakowie szukali aż do marca 1940 roku. Znalazłszy je wreszcie, zamknęli na czas dłuższy kościół Mariacki, rozebrali w sposób dość brutalny olbrzymią szafę ołtarzową i również wywieźli do Niemiec. W Krakowie zostały jedynie, ukryte w kościele, zwieńczenia ornamentalne znad scen na skrzydłach. Z polskiej strony czuwano w czasie wojny nad arcydziełem Stwosza o tyle, o ile to było możliwe, tj. bacznie śledzono, gdzie je Niemcy ukryli. Wnet po katastrofie hitleryzmu ołtarz odnalazł się w schronie pod gruzami zbombardowanego zamku norymberskiego, rozłożony na części i zmieszany z rozmontowanymi również norymberskimi dziełami Stwosza oraz tysiącami dzieł sztuki z kościołów i muzeów Norymbergii, zwalonymi tam w największym popłochu. Odnalazł się na szczęście bez braków, w stanie niezłym i 30 kwietnia 1946 roku został przewieziony do Krakowa, by po niezbędnych zabiegach konserwatorskich znów stanąć w prezbiterium kościoła Mariackiego.
Panie Jezu, adoruję Cię, jako mego Króla! Dziękuję Ci, że mnie prowadzisz, troszczysz się o mnie i słyszysz, gdy wołam do Ciebie. Udzielaj mi Twej dobroci i miłosierdzia przez wszystkie dni mojego życia. Obym zamieszkał z Tobą na wieki w Twoim Królestwie.
